Podstawowymi źródłami kernela Gentoo są gentoo-sources, oznacza to pierwotny kernel Linuksa spośród łatami przygotowywanymi wskroś deweloperów Gentoo. Modyfikacje obejmują zwłaszcza poprawki na niewielkie błędy tak, żeby negacja logiczna było znaczących różnic do wnętrza stosunku aż do oryginalnych źródeł kernela (zwanych vanilla-sources). Użytkownicy mogą wykorzystać także spośród przygotowanych kerneli aż do konkretnych zastosowań, np. git-sources (najnowsze źródła spośród GIT), hardened-sources (z łatami Grsecurity), hppa-sources, sparc-sources, mm-sources (kernel Andrew Mortona), rsbac-sources (z łatami RSBAC), tuxonice-sources (z łatami TuxOnIce) plus innych.