Cała ukształtowanie systemu musi znajdować się wykonana samodzielnie. Należy prawidłowo skonfigurować paczka fstab, uruchamiane usługi, używane moduły worek mosznowy itd. Pliki konfiguracyjne usług Gentoo znajdują się w katalogu /etc/conf.d/. Jednym z najważniejszych plików konfiguracyjnych jest make.conf znajdujący się do wnętrza katalogu /etc/. W nim ustala się parametry na rzecz kompilatora, flagi USE i inne ustawienia Portage.