Również rdzeń atomowy systemu powinno egzystować w pojedynkę ustawione i skompilowane. Instalacja spośród użyciem LiveCd pozwala co zgodność z rzeczywistością na używanie skompilowanego przedtem jądra, tymczasem negacja logiczna zaleca się tego. Jest owo przypuszczalnie najtrudniejszy faza instalacji. W Gentoo negacja logiczna istnieją prekompilowane wersje worek mosznowy Linuksa, są aliści ebuildy na rzecz kilku wersji źródłowych zawierających różne zestawy łat jako też tych oficjalnych. Dystrybucja oferuje podobnie plan genkernel ułatwiający tworzenia jądra.