Flagi te wykorzystywane są na wskroś uporządkowanie Portage aż do określenia, jakie opcje oprogramowania mają egzystować uaktywnione w trakcie jego kompilacji. Umożliwia owo dopasowanie oprogramowania aż do własnych potrzeb. Dla przykładu, jeżeli iks negacja logiczna używa środowiska graficznego GNOME zaledwie KDE, być może zestawić odpowiednie flagi USE ażeby program było kompilowane tylko z obsługą tego drugiego. Flagi USE wpływają na związki wśród pakietami plus na to, jakie opcje będą przekazane pod kompilacji oprogramowania.